葡萄球菌尿道炎只要及时治疗，一般无明显并发症，总体预后相对良好。若葡萄球菌尿道炎未能得到及时医治，导致疾病迁延不愈，较为常见的并发症是尿道狭窄。 尿道狭窄可进一步造成慢性尿潴留，进而出现肾积水，影响肾脏的正常尿液排泄，造成肾功能不同程度的降低。
葡萄球菌尿道炎的治疗主要为抗生素治疗，目前针对葡萄球菌尿道炎较为敏感的抗生素有头孢类以及喹诺酮类等。 对于症状相对较轻，诊断及时的患者，可选择口服抗生素治疗，一般疗程约1-2周左右。对于症状相对较重，病程较长的患者，则需要静脉滴注口服抗生素治疗，疗程视治疗的效果而定。 在治疗期间需注意会阴部的清洁卫生，勤换内裤，多喝水，勤排尿，同时还需要避免性生活。
目前对于腺性膀胱炎的病因尚不明确，可能和结石或感染的刺激、胚胎发育异常以及人乳头瘤病毒感染等有关。 结石或者尿路感染长期刺激膀胱的尿路上皮，引发腺性膀胱炎。胚胎发育的过程中也可能出现细胞分裂增殖异常，导致腺性膀胱炎。人乳头瘤病毒感染也会诱发膀胱黏膜上皮发生腺样改变，引发腺性膀胱炎。 此外，一些过敏性的因素，致癌物质以及不良的生活习惯，也可能会引发腺性膀胱炎。
腺性膀胱炎主要的药物治疗是膀胱内灌注化疗药物，所有针对浅表性膀胱癌的抗肿瘤药物均可适用于腺性膀胱炎，如吉西他滨、表柔比星、吡柔比星、羟喜树碱等。一些免疫类的药物，如白介素、卡介苗、干扰素等也有一定疗效。 由于膀胱内灌注药物可能会造成尿路感染，可在灌注前后几天预防性口服抗生素治疗，如头孢类药物等。
腺性膀胱炎的治疗主要是手术治疗，联合膀胱内灌注化疗药物治疗。目前最常采用的手术方式是经尿道膀胱病损电切术，通过电切镜等设备将膀胱内的病变部位完整切除。由于腺性膀胱炎容易复发，术后定期膀胱内灌注化疗药物预防其复发。 此外，即使手术治疗联合药物治疗也难以预防其复发，所以，术后需每3-6个月左右定期复查，一旦明确腺性膀胱炎复发需及时治疗。
